Madrasah Tsanawiyah (MTs) Matholi'ul Huda Troso adalah institusi pendidikan menengah pertama yang berorientasi Islam. Terletak 13 Km dari pusat kota Jepara, MTs Matholi'ul Huda Troso hadir menjawab harapan masyarakat yang mendambakan pendidikan yang terjangkau namun tetap berkualitas dan berdaya saing. Letak MTs Matholi'ul Huda Troso cukup strategis karena terletak di jalur Kecamatan Pecangaan, menjadikan madrasah ini mudah dijangkau oleh peserta didik.
Sejak Tahun 1947 para tokoh, sesepuh, dan kyai di Troso sudah mendirikan pendidikan madrasah tingkat dasar. Pertama kali didirikan di kampung Krajan dan dikepalai oleh Bapak Husain, beliau adalah putra dari Bapak Abdul Hamid suami dari Ibu Khuzaimah binti Nur Ihsan. Dan sebagai pengurus pertamanya adalah Mbah Abdur Rohman dan Mbah Abdul Hamid.
Sampai kemudian pada Tahun 1954 madrasah ini dipindahkan ke sebuah gedung yang sebagian dari gedung tersebut masih digunakan untuk gudang penyimpanan padi (beras). Gedung tersebut adalah milik dari Bpk. Abdul Ghoni (H. Zainuri) yang telah diwakafkan. Tanah tersebutlah yang saat ini ditempati Madrasah Ibtidaiyah (MI) Matholi'ul Huda 01 Troso. Selang beberapa tahun sekitar tahun 1958 Bapak Husain meninggal kemudian digantikan oleh Mbah Jufri Alwi sebagai Kepala Madrasah. Dan sebagai Ketua Pengurusnya adalah Bapak H. Ridwan.
Pada tahun 1965 juga mendirikan pendidikan menengah pertama Muallimin di gudang kain milik Bpk. Sudar. Setelah 2 - 3 tahun Mualllimin dipindahkan ke kampung Krajan. Namun karena situasi politik yang tidak kondusif, akhirnya Muallimin dipindahkan ke Pecangaan pada tahun 1971 dan menjadi cikal bakal lembaga pendidikan Yayasan Walisongo Pecangaan. Dan nama Walisongo itu sendiri adalah atas usulan KH. Abdul Jalil Al Khafid. Hampir seluruh pendirinya adalah orang Troso kecuali KH. Mahfudz Asymawi Pecangaan Kulon.
Berlanjut Tahun 1988 YPI Matholi'ul Huda Troso mendirikan Raudlatul Atfal (RA) atas inisiatif dari para pengurus Muslimat NU, RA ini didirikan di atas tanah wakaf milik Bpk. Karmisan dan Ibu Darmi. Kemudian setelah berjalan beberapa tahun pengelolaan RA ini dilimpahkan kepada YPI Matholi’ul Huda Troso. Pada tahun 1993 pendidikan madrasah tingkat dasar baru dinotariskan dan resmi menjadi Madrasah Ibtidaiyah (MI) Matholi’ul Huda 01 Troso dibawah naungan YPI Matholi'ul Huda Troso dengan kepengurusan yang baru yang diketuai oleh KH. Abdul Jalil Al Hafidz mengganti pengurus yang lama. Pada awal tahun 1990-an YPI Matholi'ul Huda Troso bersama para tokoh, sesepuh, dan para kyai Desa Troso mendirikan Madrasah Dinniyah Awaliyah dan Wustho. Dan akhirnya pada tahun 1996 mendirikan Madrasah Tsanawiyah (MTs.) Matholi’ul Huda Troso pertama kali ditempatkan di Gedung Muslimat NU disekat menjadi 3 kelas.
Dalam perjalanannya Kepala Madrasah kemudian diserhakan kepada Drs. H. Sobari, dan selanjutnya mulai tahun 1999, lalu Drs. H. Nur Kholis Syam'un, setelah itu dikepalai olah Karwadi, S.Ag. sejak tahun 2009 sampai 2015. Kemudian dilanjutkan oleh Noor Ubaidillah, S.Pd.I. dari tahun 2015 sampai 2021. Selanjutnya dikepalai Dra. Wafiroh mulai tahun 2021 sampai sekarang.
Dalam perkembangannya MTs Matholi'ul Huda Troso mengalami perubahan yang sangat pesat, mulai dari jumlah siswa yang terus meningkat, sampai fasilitas gedung yang sangat menunjang dalam proses belajar mengajar. Sejak berdirinya madrasah ini, selalu menorehkan prestasi-prestasi yang cukup membanggakan, baik bidang akademik maupun bidang nonakademik.
Berbagai terobosan yang inovatif dilakukan oleh kepala madrasah dan pihak-pihak yang membantunya untuk memberikan 'sesuatu yang lebih' dan 'sesuatu yang lain dari yang lain' kepada peserta didik. Di antara dari sekian banyak inovasi tersebut adalah memasukkan pelajaran ekstra (pelajaran tambahan) menjadi pelajaran intra, seperti Keterampilan Grafis (Komputer), Pramuka, Bahasa Inggris Praktis, Nasyid, dan Keterampilan Berpidato (Khitobah). Langkah-langkah tersebut tidak lain adalah untuk memberikan keterampilan peserta didik untuk hidup di masyarakat kelak.
Semua itu berorientasi pada visi madrasah, yaitu "Luhur dalam Budi, Tinggi dalam Prestasi" yang menjadi ruh dalam setiap gerak MTs Matholi'ul Huda Troso dalam melayani masyarakat menuju manusia yang berbudi luhur, namun juga berprestasi yang tinggi.
